โรงเรียนบ้านภักดีเจริญหัวนาโคกช้างมะนาย เดิมชื่อ โรงเรียนบ้านอีเป๋ ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2473 ที่บ้านอีเป๋ หมู่ 5 ตำบลห้วยไร่ อำเภอเมืองอำนาจเจริญ จังหวัดอุบลราชธานี ในขณะนั้น โดยความร่วมมือของราษฎรบ้านอีเป๋ (บ้านภักดีเจริญ) บ้านหัวนา และบ้านโคกช้างมะนาย ในระยะแรกของการก่อตั้งได้อาศัยศาลาวัดบ้านอีเป๋ เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอน
พ.ศ.2490 ชาวบ้านโคกช้างมะนาย ได้พร้อมใจกันยกที่ดินสาธารณะประโยชน์ของหมู่บ้าน จำนวน 8 ไร่ ใช้เป็นสถานที่ปลูกสร้างอาคารเรียน
ต่อมาเมื่อ พ.ศ.2515 คณะครู ชาวบ้านเห็นว่าบริเวณที่โรงเรียนตั้งอยู่เดิมนั้นมีบริเวณที่ไม่กว้างขวางเท่าที่ควรจึงได้ย้ายสถานที่ตั้งโรงเรียนอีกครั้งไปสร้างบนที่ดินสาธารณะประโยชน์บ้านภักดีเจริญจำนวน 47 ไร่ 50 ตารางวา ซึ่งเป็นที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบัน
และในปี พ.ศ.2545 คณะครูและชาวบ้านทั้ง 4 หมู่ได้พร้อมใจกันเปลี่ยนชื่อโรงเรียน เป็น “โรงเรียนบ้านภักดีเจริญหัวนาโคกช้างมะนาย”